Das Helms-Museum nimmt außerdem die Aufgabe der staatlichen Bodendenkmalpflege für Hamburg und den Landkreis Harburg wahr. Die Archäologen führen u.a. Notbergungen und Ausgrabungen bei anstehenden Neubebauungen durch, wie zum Beispiel bei der Ausgrabungskampagne 2005/2006 auf dem Domplatz in Hamburg.

Das Fundmaterial wird wissenschaftlich ausgewertet, teilweise restauriert und schließlich im Magazin archiviert. Mehr als 1,5 Mio. Objekte wurden seit 2004 im neuen Archäologischen Zentralmagazin zusammengeführt und inventarisiert.

Einen besonderen Schwerpunkt setzt das Helms-Museum mit seiner Museumspädagogik. Das Programm bietet seit Jahrzehnten für Kinder und Jugendliche ebenso wie für Erwachsene ein umfangreiches Kursangebot, das in dieser Form in der Region einmalig ist. Jeden Sonntag werden bei den Sonntagskindern Mitmachaktionen wie "Feuermachen auf Steinzeitart" oder "Höhlenmalerei" durchgeführt. Beim Ferienprogramm und Sonderaktionen begleitend zu den Ausstellungen vermittelt das Museum immer wieder neue Einblicke in die spannende Welt der Archäologie.